Reorganizacijom sudskog sistema u Bosni i Hercegovini, 15.12.2003. godine  osnovan je Općinski sud u Sarajevu kao rezultat spajanja sarajevskih Općinskih sudova I i II te devet općinskih sudova za prekršaje. Spajanjem ova dva suda stvoren je najveći sud u Bosni i Hercegovini sa 108 sudija, uključujući i predsjednika suda, 28 stručnih saradnika te 359 namještenika.

Spajanje Općinskih sudova I i II predstavljalo je dodatni izazov jer su prethodni sudovi imali odvojeno osoblje, različite upravne procedure, te različite mjesne nadležnosti. Ovi sudovi su bili prostorno odvojeni jedan od drugog u okviru iste zgrade. Novoformirani Općinski sud u Sarajevu je naslijedio sav taj obim posla od Općinskih sudova I i II te se pokušao izboriti sa nagomilanim neriješenim predmetima i održati korak sa velikim prilivom novih predmeta. Neriješeni predmeti, uključujući nekoliko stotina hiljada nezavedenih tužbenih zahtjeva zbog neplaćenih komunalnih računa, nisu se mogli ni pobrojati.

U vrijeme spajanja stvoreno je novo privredno odjeljenje, a novi Zakon o sudovima u FBiH predvidio je da Općinski sud preuzme nadležnost nad tim predmetima od Kantonalnog suda. Također, ovaj sud je preuzeo zemljišne knjige od općina Hadžići i Trnovo prema novom Zakonu o zemljišnim knjigama. Novim Zakonom je preuzet i Registar pravnih lica.

Ostali problemi koje su identificirali osoblje i sudije uključuju i poštivanje rokova za rješavanje predmeta, nemogućnosti da se zavedu svi tužbeni zahtjevi koji pristižu, loše komunikacije, kompliciran proces protoka dokumenata itd.

Radi ostvarivanja funkcije suđenja i odlučivanja o predmetima iz iste pravne oblasti, u Sudu su osnovana sljedeća sudska odjeljenja i to:   

 -  Krivično  odjeljenje

 -  Parnično odjeljenje

 -  Odjeljenje za radne sporove - Rs

 -  Porodično odjeljenje

 -  Odjeljenje za sporove male vrijednosti

 -  Privredno odjeljenje

 -  Odjeljenje za upis u registar pravnih lica

 -  Vanparnično odjeljenje

 -  Izvršno odjeljenje

 -  Izvršno odjeljenje po vjerodostojnoj ispravi

 - Izvršno odjeljenje za pravna lica - Ip

 -  Prekršajno odjeljenje za porezne i carinske prekršaje

-  Prekršajno odjeljenje za prekršaje iz opće nadležnosti

U Općinskom sudu u Sarajevu uspostavljene su sljedeće pisarnice:   

-  Pisarnice za manuelno upravljanje predmetima,

-  Pisarnice za unos,

-  Pisarnice za informacije, uvid u spis, izdavanje uvjerenje, izdavanje govornica i   davanje klauzula pravosnažnosti,

-  Pisarnice za unos podnesaka pristiglih poštom,

-  Pisarnice za otpremu pošte, 

-  Pisarnice za prijem i unos dokumenata,

-  Pisarnice za upravljanje predmetima, 

-  Pisarnice za upis u registar pravnih lica,

-  Prekršajne pisarnice,

-  Pisarnice za sporove male vrijednosti,

-  Pisarnice za izvršenja po vjerodostojnoj ispravi.

Svaka pisarna pruža administrativnu podršku odgovarajućem sudskom odjeljenju u kojem su smještene sudije, stručni saradnici i pripravnici. Pored toga, u ovom sudu postoji i administrativna uprava, daktilobiro i računovodstvo.